Aerolineas Argentinas wurde historisch betrachtet eher recht spät zu einem Betreiber der MD-80 und für einige Jahre waren die MD-83/-88 die modernsten Flugzeuge innerhalb der Flotte. Die MD-80 ermöglichten dem Unternehmen primär den Ersatz der Boeing 727. Für McDonnell Douglas bedeutete die Auslieferung dieser MD-80 einen weiteren Verkaufserfolg in Argentinien. 

1992/93 übernahm Aerolineas Argentinas insgesamt sechs MD-88 und diese wurden auf Kurz- und Mittelstrecken eingesetzt und ergänzten u.a. Boeing 737 und 727. Einigen Quellen nach wurden vier der sechs MD-88 ursprünglich von Austral bestellt, kamen aber alle bei Aerolineas Argentinas recht "kurzfristig" zur Auslieferung. Zusätzlich zu den zwei weiteren fabrikneuen MD-88 wurde zusätzlich eine MD-83 eingesetzt und diese von Austral geleast und soll einigen Angaben nach das erste (?) MD-80-Flugzeug bei Aerolineas Argentinas gewesen sein. Die MD-88 boten in den ersten Betriebsjahren jeweils 155 Passagieren Platz. Später boten die MD-88 die Sitzkonfiguration C12Y131, während die MD-83 mit C12Y135 konfiguriert waren.   

Mitte der 1990er Jahre beteiligte sich Iberia an diversen südamerikanischen Fluggesellschaften, so auch an Aerolineas Argentinas. Diese Investitionen zahlten sich für alle beteiligten Unternehmen überhaupt nicht aus und Iberia musste sich außerdem von defizitären Beteiligungen trennen um sich selber zu retten und Subventionen von der EU zu erhalten. Aerolineas Argentinas konnte sich finanziell nicht wirklich wieder erholen, nutzte aber weiterhin Madrid als Knotenpunkt für weitere Verbindungen zu europäischen Zielen und somit stellt Madrid noch immer eine der wichtigsten Routen nach Europa dar, hat aber im Vergleich zur Iberia weniger Marktanteil und Erfolg.

Durch Umstrukturierungen wurde der Flugbetrieb der Aerolineas Argentinas und der Austral mittlerweile zusammengelegt. Die MD-80 der Austral wurden integriert, während die DC-9-30 der Austral durch weitere gebrauchte Boeing 737-200Adv. (hauptsächlich aus Beständen der British Airways) ersetzt wurden. Aufgrund der prekären finanziellen Situation der Aerolineas Argentinas war (mir) zeitweise nicht sicher, wie viele MD-88 noch aktiv im Einsatz sind. Einige MD-88 schienen einige Zeit in Venezuela eingemottet zu sein, wurden dann aber wieder in den Flugbetrieb integriert.   

Eine MD-88 verbrannte während eines Hangaraufenthaltes und musste abgeschrieben werden. Aerolineas Argentinas wollte mittelfristig ihre MD-80-Flotte durch Boeing 737NG oder Airbus A320 ersetzen. Die Fluglinie bekundete auch mehrfach Interesse an Boeing 717, gehört aber mit zu den potentiellen Interessenten, die eine Boeing 717-Familie vermissten. Aerolineas Argentinas stationierte ab Juli 2002 zwei ihrer MD-88 in Madrid. Die MD-88 sollten europäische Zubringerflüge nach Madrid durchführen und Umsteigeverbindungen für ihre Flüge nach Buenos Aires bieten. Parallel dazu stellte Aerolineas Argentinas aber diverse direkte Routen zu europäischen Zielen ein.   

Unbestätigten Angaben zufolge sollten eventuell weitere MD-88 in Europa (Athen) stationiert werden. Es kursierten auch Meldungen, daß zumindest die in Europa stationierten MD-88 durch Boeing 737-700 ersetzt werden sollen. Die Fluggesellschaft kämpfte weiterhin mit erheblichen wirtschaftlichen Problemen und flog weiterhin in eine sehr ungewisse Zukunft. Mit Air Plus Comet konnte dann aber ein neuer Investor gefunden werden. Mit einem neuen Erscheinungsbild operiert Aerolineas Argentinas/Austral und die Austral ist faktisch eine Fluggesellschaft innerhalb der Aerolineas Argentinas. Nur ein "Austral"-Schriftzug auf der jeweilig rechten Rumpfseite unterscheidet visuell diese Gesellschaften voneinander.

Bis Ende 2005 wird die MD-80-Flotte weiter aufgestockt, u.a. durch Exemplare von Flying Finn und Jetsgo. Die MD-80-Serie stellt bei Aerolineas Argentinas/Austral einen wichtigen Flottenbestandteil dar. Im Zeitraum 2005/06 entschied sich der Mehrheitseigner von Aerolineas Argentinas/Austral, den Flugbetrieb zu straffen und effizienter zu gestalten. Dies führte dazu, daß in Zukunft der Flugbetrieb sämtlicher MD-80 der Austral unterstellt werden, während Aerolineas Argentinas sich für den Betrieb der Boeing 737-200/-500 verantwortlich zeigt. Die Rationalisierung scheint beendet worden zu sein. Somit ist faktisch Aerolineas Argentinas eigentlich kein Betreiber von MD-80 mehr, aber die Flugzeuge der Austral tragen weiterhin auf der linken Rumpfseite den Schriftzug "Aerolineas Argentinas".

Es gibt Mitte September 2007 dann die in sich widersprüchliche Meldung, dass Austral alle MD-88 (fünf Exemplare) und eine MD-83 an Aerolineas Argentinas zurückgeben wird und dies mit der schwer verständlichen Begründung, dass die Marsans-Gruppe (Besitzer von Aerolineas Argentinas) den Ersatz der MD-80 beschleunigen würde. Gerüchte meinen, dass Aerolineas Argentinas die zurückgegebenen sechs MD-80 durch "drei A320 und drei MD-80 oder durch sechs A320" ersetzen könnte. In der Tat sehr rätselhafte Gerüchte, die sich intern widersprechen. Eine Klärung des Sachverhalts wird es hoffentlich bald geben.

Die Grupo Marsan (Besitzer von Air Comet und Aerolineas Argentinas) hat eine Absichtserklärung für den Kauf von 73 Flugzeugen des Herstellers Airbus unterzeichnet, darunter höchst wahrscheinlich 42 Airbus A320, die bei Air Comet und Aerolineas Argentinas möglicherweise den Ersatz bestehender Flotten für die Kurz- und Mittelstrecke einleiten könnten. Aerolineas Argentinas setzt zwar offiziell keine MD-80 ein (Austral zeigt sich hierfür verantwortlich und baut ihren Betrieb mit MD-80 sogar weiterhin aus); dennoch darf man annehmen, dass die A320-Bestellung Auswirkungen auf die mögliche verbleibende zukünftige Rolle von fünf MD-88 und einer MD-83 der Aerolineas Argentinas haben könnte, die aktuell noch von Austral betrieben, aber verschiedenen Meldungen nach an Aerolineas Argentinas wieder retourniert werden sollen.

Am 21.07.08 entschied die argentinische Regierung eine (Wieder-)Verstaatlichung der Fluggesellschaften Aerolineas Argentinas und Austral durch die Übernahme von 99,4% der Anteile an AR/AU zu einem nicht genannten Kaufpreis. Die verbliebenen 0,6% werden weiterhin von Mitarbeitern der Fluggesellschaften gehalten. Am 03.09.08 stimmte der Senat der Nationalisierung mehrheitlich zu.

Während die Entscheidung seitens der Aerolineas Argentinas zugunsten für zwölf Boeing 737-700 sehr wahrscheinlich keine unmittelbaren Auswirkungen auf die MD-80-Flotte bei Austral haben werden, so entschieden sich Aerolineas Argentinas im März 2009 für die Einführung von 20 Embraer 190. Inwieweit diese Entscheidung Auswirkungen auf die mittelfristige Zukunft der MD-80-Flotte bei Austral haben wird, bleibt abzuwarten.