Avianca konnte mit ihren neuen MD-83 ihre betagte Boeing 727-Flotte teilweise ersetzen und somit eine Flottenerneuerung einleiten. Nach wenigen Jahren (ca. 1994/95) kursierten schon Gerüchte, daß Avianca ein Ersatzmuster für ihre MD-83 suchen würde, da "die Frachtkapazität zu gering sei". Diese Pläne wurden nicht umgesetzt und die MD-83 wurden zusammen mit ebenfalls neuen Fokker 50 zum Arbeitspferd der Kurz- und Mittelstrecke. Das Einsatzspektrum reichte von stark nachgefragten Inlandsrouten und internationalen Diensten innerhalb Südamerikas sowie Karibik bis in die USA nach Miami sowie in ihrer späteren Karriere sogar temporär bis nach New York. Ende der 1990er sah es so aus, dass die Flotte schrittweise erweitert werden sollte.

2002 setzten Avianca 14 MD-83 ein, wobei zwei MD-83 bei der SAM Colombia zum Einsatz kamen. Die Vergrößerung der  MD-80-Flotte wurde durch die Anmiete von weiteren Exemplaren ermöglicht, so auch Flugzeugen, die einst bei Aero Lloyd im Einsatz standen. Jede MD-83 bietet in Avianca- Konfiguration 152 Passagieren (F12Y140) Platz. Mitte 2002 erschienen einige MD-80 in einem neuen Farbkleid, welches das charakteristische rote Farbschema ersetzen sollte.

Informationen zufolge hatte diese Modifizierung etwas mit der anstehenden Fusion zwischen Avianca, SAM und ACES zu tun. Der stilisierte Schmetterling symbolisierte mit ihren Farben grün, orange und rot die Fluggesellschaften SAM Colombia, Avianca und ACES. Diese drei Fluggesellschaften operierten unter der neuen Bezeichnung „Allianza Summa“.Die kombinierten Kräfte konnten aber nicht verhindern, dass Avianca in finanziellenTurbulenzen flogen. Schließlich mussten sich Avianca im Frühjahr 2003 unter Gläubigerschutz stellen. Zwar konnte durch die Zusammenlegung dieser Fluggesellschaften eine enorme Produktivitätssteigerung erzielt werden. dennoch plante Allianza Summa (zum Beispiel) die Rückgabe von diversen A320. Im Herbst 2003 wurde bekannt, daß der Flugbetrieb der ACES eingestellt und alle A320 dadurch außer Dienst gestellt werden sollten. Der Flugbetrieb wurde weiter reduziert, das Flugprogramm gestrafft. Außerdem wurde bekannt, daß aufgrund von hohen Verlusten und Überkapazitäten, der Flugbetrieb weiter ausgedünnt wird. Davon schien aber die MD-83-Flotte nicht betroffen zu sein, eher wurde die MD-83 auf Routen eingesetzt, wo zuvor größeres Gerät anzutreffen war.

Bei Avianca waren die MD-80 weiterhin ein essentiell wichtiger Flottenbestandteil und mittlerweile standen 15 MD-83 im Dienst, die dann sehr bald durch erste (zwangsläufig gebrauchte) Fokker 100 ergänzt werden sollten. Wieder wurde eine neue Bemalung eingeführt und das Unternehmen neu positioniert. Ab spätestens Anfang 2006 gab es dann erste ernstzunehmende Gerüchte, daß Avianca sich im Zuge einer größeren Flugzeugbestellung für den Ersatz der MD-80-Flotte entschließen könnte. Favorisiert wurde zu diesem Zeitpunkt laut verschiedenen Gerüchten die Boeing 737NG. Wichtig erschien der Avianca, dass der MD-83-Nachfolger ebenfalls keine größeren Nutzlastprobleme ab Bogota aufweisen durfte.

Am 30.05.2007 wird bekannt, dass Avianca sich für 38 Flugzeuge von Airbus entschieden hat. Teil dieser Bestellung sind 33 Airbus A319 und A320. Für weitere 27 Flugzeuge (A319/320 und A330-200) wurden Optionen vereinbart. Mit den A319/320 wird die gesamte MD-83-Flotte ersetzt. Wenige Tage zuvor wurde eine erste MD-83 schon an den Leasinggeber retourniert.