JAS sind historisch gesehen einer der sehr frühen Kunden für die MD-90 gewesen und tätigten 1990 eine Bestellung für zehn Exemplare. Diese Bestellung festigte die traditionell gewachsene Verbundenheit der JAS und ihrer Vorgängergesellschaft TDA mit der DC-9 und MD-80 und war sicherlich ein Zeichen für die hohe Zufriedenheit und Eignung der zweistrahligen Modelle für JAS.

--> Zum Hauptartikel: "Die ehemalige MD-90-Flotte von Japan Air System"

--> Zum Hauptartikel: "Fly the Rainbow" - Akira Kurosawa´s Kunstwerke auf den MD-90

Es folgte 1995 (?) eine Folgebestellung für sechs MD-90 und vereinbarte eine Option für ein siebtes Flugzeug. Die 166-sitzigen MD-90 wurden alle mit verschiedenen Motiven auf den schlanken Rümpfen ausgeliefert. Dabei soll es sich speziell bei der MD-90 um sieben verschiedenen Motive gehandelt haben, die unter dem Motto "Fly the Rainbow"  von Akira Kurosawa entworfen wurden. Leider blieb es nicht bei dieser durchaus farbenfrohen und sehr erfolgreichen Aktion, denn JAS stellte wenig später eine grundsätzlich neue Bemalung vor und es ist eventuell schade, daß die restlichen MD-90 nicht in den klassischen „Airbus-style“-Farben zu sehen waren. Aufgrund von finanziellen Problemen verzögerte sich die Abnahme von MD-90 bei JAS um rund ein Jahr und falls ich mich nicht irre, wurden sogar bereits fertig gestellte MD-90 in der Wüste eingemottet und erst ab 1996 an JAS ausgeliefert.     

Die MD-90 ergänzten zuerst u.a. die MD-81/-87-Flotte und ersetzen dann acht der (ältesten) 26 MD-81. JAS ist einer der recht wenigen Fluggesellschaften, die gleichzeitig DC-9, MD-80 und MD-90 einsetzten. Im Jahr 2003 wurde JAS in die JAL integriert und fortan werden die 16 MD-90 (und 25 MD-80) in den Farben von JAL eingesetzt. JAL passte alle MD-90 der Standardbemalung an und dadurch sind logischerweise die Kurosawa-Kunstwerke Vergangenheit.

Die gesamte MD-90-Flotte wurde ab 2004 in die Japan Airlines integriert.