Die Einsatzzeit der MD-80 erstreckte sich in Japan von 1981 bis 2010. Basis dieser langen Einsatzzeit war die Entscheidung von TDA Toa Domestic Airlines, die DC-9 Super 80 zu bestellen und einzuführen. Ab 1988 firmierten TDA als JAS Japan Air System und bis 1994 bauten JAS eine Flotte von 34 MD-81/-87 auf. Durch Etablierung der Tochtergesellschaft Harlequin Air wurde auch eine MD-81 der JAS an die neue Gesellschaft transferiert. Mit Zulauf von MD-90 reduzierte sich die MD-81-Flotte der JAS von 26 auf 17 Einheiten. Die Fusion zwischen JAL und JAS führte dazu, dass die MD-81/-87/-90 fortan bei der JAL Japan Airlines und JAL Express zum Einsatz kamen. Bis 2008 wurde die MD-87-Flotte ausgemustert, die letzte MD-81 wurde im am 30. September 2010 verabschiedet. 

JAL setzen auch im Sommer 2011 noch die gesamte ehemals an JAS ausgelieferte MD-90-Flotte ein. Ein Teil dieser MD-90-Flotte wurde schon an Delta Air Lines verkauft und es ist sehr wahrscheinlich, dass die gesamte Flotte mittelfristig bei Delta ein neues Zuhause findet wird.