Nach Umstrukturierungen und einer Fusion mit der CTA wurde aus Balair ab 1993 die BalairCTA. BalairCTA trennte sich aber wenig später von ihren MD-87 und transferierte ihre MD-82/-83 an die Crossair. Die vier MD-87 wurden an Reno Air und SAS vermittelt (je zwei). Zuvor gab es u.a. im Jahr 1994 erhebliche Probleme, da BalairCTA ihre Angebote aufgrund von Konkurrenzdruck zu tief ansetzte und ein großes Defizit schon absehbar war. Auch gab es politische Querelen: Sitz der BalairCTA wurde Genf (frühere Basis der CTA), in Basel wurde eine "starke Niederlassung" etabliert (ehemalige Basis der Balair), obwohl aber die meisten Crews und der Chef von BalairCTA in Zürich stationiert waren und die meisten Flüge auch ab Zürich stattfanden. Politische Einflüsse führten dazu, dass es zu dieser finanziell teuren Aufteilung kam.

Einige angemietete MD-80 wurden ausgemustert, Überkapazitäten abgebaut. Balair setzte ihre MD-80 mit je Y149 Sitzplätzen ein, während die MD-87 mit jeweils 125 Passagieren Platz bot. Die BalairCTA wurde 1995 aufgelöst, nachdem sich Swissair dazu entschloss, alle Aktivitäten der Chartertochter einzustellen und an Crossair zu transferieren.

Charterflüge wurden seitdem teilweise durch Crossair durchgeführt, die dafür auch MD-80 ab Ende 1995 erhielt. Außerdem konnte Edelweiss Air das Vakuum sehr gut füllen.